Czasopismo zostało założone w 1998 r. przez Piotra Wyrobca, wówczas dyrektora Zbiorów Historycznych Ziemi Wadowickiej im. Marcina Wadowity. W numerze pierwszym redaktor naczelny pisał: Wydawnictwo , które Państwo otrzymaliście jest kolejną pozycją przygotowaną przez Zbiory Historyczne Ziemi Wadowickiej im. M. Wadowity. (…) W naszych zamierzeniach ma stać się periodycznym wydawnictwem zawierającym problematykę historyczną i kulturalną dotyczącą Wadowic i najbliższej okolicy. Interesuje nas historia zarówno ta odległa jak i współczesna, wydarzenia kulturalne o randze regionalnej i ogólnopolskiej, ale i te związane tylko z Wadowicami. W kręgu naszych zainteresowań są nie tylko poważne naukowe publikacje historyczne. Chcielibyśmy aby każdy znalazł tutaj interesujący go temat, wiele ciekawych dotychczas nie ujawnianych faktów i wydarzeń. Wytyczone wówczas założenia nie uległy zmianie na przestrzeni ponad 20 lat istnienia pisma. Na jego łamach publikowane są rozprawy i artykuły dotyczące historii Wadowic i okolic, noty biograficzne i wspomnienia wadowiczan oraz dokumentowane są bieżące wydarzenia o charakterze kulturalnym (wystawy, koncerty, konferencje, spotkania, wykłady). W roczniku zamieszczane są prace z zakresu historii, historii sztuki, archeologii, etnologii i kulturoznawstwa.
Od 2000 r., po połączeniu Zbiorów Historycznych z Wadowickim Centrum Kultury w jedną instytucję, „Wadoviana” wydawane są przez Wadowickie Centrum Kultury. W latach 1998 – 2021 ukazały się 24 numery pisma, w tym dwa tomy monograficzne, poświęcone: Emilowi Zegadłowiczowi (nr 4, 2000 r.) oraz wadowickim Żydom (nr 9, 2005). W roku 2013 rocznik został wpisany na ministerialną listę naukowych czasopism punktowanych. W wykazie opublikowanym 1 grudnia 2021 r. „Wadoviana” otrzymały 40 punktów i należą do liczących się pism regionalistycznych w kraju. Pismo indeksowane w prestiżowych bazach czasopism naukowych: ERIH-PLUS (European Reference Index for the Humanities and the Social Sciences), CEJSH (the Central European Journal of Social Sciences and Humanities), BazHum, POL-Index oraz Index Copernicus Journal Master List oraz w repozytorium CEEOL (Central and Eastern European Online Library).